Lónin
Lónin eru sjávarlón vestast í Kelduhverfi. Það skiptist í tvennt, ytra- og innra lón. Hraun þekja Kelduhverfi sunnan sanda, á mörgum stöðum streymir grunnvatn þaðan undan og er grunnvatnsstreymi út í Lónin talsvert en þar kemur fram sprungubelti sem kennt er við Þeistareyki. Um Lónsós fara um 19 m3/s af ferskvatni. Volgt vatn sprettur einnig fram í gjám og lindum og er þar trúlega um að ræða afrennslisstraum frá háhitasvæðinu á Þeistareykjum. Jarðhitasvæði er í sandinum við norðaustanverð Lónin og eykst hiti grunnvatns norður með Lónunum.
Hópar andfugla halda til á Lónunum á veturna, m.a. hvinendur, hávella og æðarfugl en síðastnefnda tegundin verpir þar í talsverðum mæli.
Fiskeldi hófst með tilraunakvíum í Lónum árið 1978. Upp úr 1980 var fyrirtækið ÍSNÓ hf. stofnað og rak það starfsemi í Lónum allt fram til ársins 1992 er það varð gjaldþrota. Í kjölfarið keyptu heimamenn eignir þrotabúsins og stofnuðu fyrirtækið Rifós hf sem hefur verið rekið þar allar götur síðan. Í lok árs 2020 urðu breytingar á starfsemi fiskeldisins við Lónin en þá var öllu matfiskeldi hætt í Lónunum. Fiskeldi Austfjarða keypti starfsemi Rifós hf. og er nú eingöngu starfrækt seiðaeldi við Lónin.
Náttúrustofan sá um vöktun á lífríki Lónanna að frumkvæði fiskeldisfyrirtækisins Rifóss en þeirri vöktun hefur nú verið hætt.
Víkingavatn
Víkingavatn í Kelduhverfi er grunnt og næringarríkt stöðuvatn sem líklega hefur myndast við landsig. Það er um 2,4 km2 að flatarmáli en skiptist nánast í tvennt með mjóu sundi á milli. Vatnið er mjög vogskorið og margir litlir hólmar eru í vatninu norðanverðu. Austan við vatnið er uppspretta í Holubjörgum sem síðan rennur um svokallaða Kvísl í vatnið austanvert. Ekkert afrennsli er úr vatninu en þegar vatnsstaða er há, einkum á vorin og haustin, rennur vatn um skurði vestur í svokallað Dokk. Fuglalíf við vatnið er mjög fjölbreytt, mikið af andfuglum og flórgoði er algengur í stararflögum. Silungur er í vatninu og er hann veiddur í net.
Vatnafuglar eru vaktaðir á Víkingavatni en auk þess hefur Náttúrustofan veitt þar hornsíli og smádýr til að fá betri mynd af ástandi lífríkis í vatninu. Þá hafa einnig verið stundaðar þar rannsóknir á flórgoða til að fylgjast með farhegðun hans en hann er veiddur og merktur með svokölluðum dægurritum. Flugnagildra er við Víkingavatn.
Skjálftavatn
Skjálftavatn í Kelduhverfi myndaðist við landsig í jarðskjálftunum veturinn 1975-1976. Þar sem vatnið liggur nú var áður misvel gróið sandlendi og var meginhluti þess innan sandgræðslugirðingar. Skjálftavatn er um 4 km2 að flatarmáli en grunnt. Í það kemur vatn úr uppsprettum sem renna í lækjum í vatnið og úr því rennur Litlaá sem er gjöful veiðiá. Fyrstu þrjú árin eftir myndun þess voru tekin svif- og reksýni úr vatninu til að fylgjast með landnámi lífs. Mjög fljótlega eftir myndun vatnsins var lífmagn þess orðið mikið og fjöldi tegunda furðumikill. Var skýringin meðal annars talin mikil næringarauðgi vatnsins sem stafaði af næringarefnum sem bárust í miklum mæli frá jarðvegi og rotnandi gróðri fyrst eftir myndun vatnsins. Einnig er líklegt að jarðvatnið sem fellur í vatnið sé mjög næringarríkt. Spáðu menn því að vatnið gæti orðið frjósamt og gjöfult veiðivatn (Helgi Hallgrímsson, 1984) Silungur fór fljótlega að ganga upp í vatnið eftir myndun þess og þar er nú veiði. Fjöldi vatnafugla verpir við vatnið og gæðir það lífi. Einnig fella andfuglar þar fjaðrir og hefur vatnið lengi verið mikilvægur fellistaður álfta á sumrin.
Vatnafuglar eru vaktaðir á Skjálftavatni og þar er einnig staðsett flugnagildra yfir sumarmánuðina.
Ástjörn
Ástjörn er skammt austan við Ásbyrgi, innan Vatnajökulsþjóðgarðs. Tjörnin hefur myndast í gömlum hlaupfarvegi Jökulsár á Fjöllum þar sem áin myndaði fornt fossbyrgi. Með árunum safnaðist sandur fyrir framan mynni byrgisins og stöðuvatn myndaðist innan sandöldunnar. Ferskvatn streymir í tjörnina að sunnanverðu en í norðvestur horni hennar er affall til vesturs. Tjörnin er umlukin skógi á þrjá vegu og við norðurenda hennar eru Sumarbúðirnar Ástjörn. Flórgoði verpir við Ástjörn þar sem hann gerir sér flothreiður í stararflögum eða festir þau við víðirunna sem slúta út yfir vatnið. Í Ástjörn er mikið af hornsílum sem eru aðalfæða flórgoðans en þar var enginn annar fiskur. Á síðustu öld var fiski a.m.k. tvívegis sleppt í tjörnina, annars vegar frá Hafurstaðavatni og hinsvegar úr Kringluvatni. Í Ástjörn hefur fundist undirtegund af vatnabobba (Radix peregra var. ampla), sem ekki hefur fundist annars staðar á landinu, en þar er eins og hyrnan sé kýld inn í kuðunginn (Árni Einarsson, 2008).
Á Ástjörn hafa verið stundaðar rannsóknir á vetrarstöðvum flórgoða. Þar var um tíma staðsett flugnagildra en hún var tekin niður. Við Ás, skammt vestan við tjörnina, er Náttúrustofan með fiðrildagildru.
Miklavatn
Miklavatn í Aðaldal er fremur grunnt vatn með afrennsli í Skjálfandafljót. Það er um 1,1 km2 að flatarmáli og stendur aðeins í um 2 m hæð yfir sjó. Umhverfis vatnið er talsvert mýrlendi og mikið af fuglalífi. Bæði vatnableikja og urriði eru í vatninu og er þar talsverð veiði.
Vatnafuglar eru vaktaðir á Miklavatni og þar er einnig staðsett flugnagildra yfir sumarmánuðina.
Sílalækjarvatn
Sílalækjarvatn í Aðaldal er mjög lítið og grunnt vatn sem liggur í um 3 m hæð yfir sjó. Það er skammt frá Miklavatni en umhverfis vatnið er mýrlendi og mikið af fuglalífi. Bæði bleikja og urriði eru í vatninu.
Vatnafuglar eru vaktaðir á Sílalækjarvatni og þar er einnig staðsett flugnagildra yfir sumarmánuðina.
Vestmannsvatn
Vestmannsvatn er á mörkum Reykjadals og Aðaldals. Það er um 2,4 km2 að flatarmáli og að meðaltali um 3 m djúpt en dýpst er það um 10 m. Reykjadalsá rennur í vatnið að sunnanverðu en afrennsli er um Eyvindarlæk í Laxá. Vestmannsvatn var friðlýst árið 1977 en umhverfi þess er vel gróið og í vatninu eru gróskumiklir hólmar og fjölbreytt fuglalíf.
Náttúrustofan vaktar vatnafugla á Vestmannsvatni.
Ljósavatn
Ljósavatn í Ljósavatnsskarði er fremur djúpt vatn (mesta dýpi er um 35 m) sem liggur í um 105 m hæð yfir sjó. Það er um 3,2 km2 að flatarmáli með aðrennsli frá Litlu-Tjarnarvatni en afrennsli er í Djúpá sem síðan fellur í Skjálfandafljót. Þegar ekið er meðfram vatninu um þjóðveg 1 er ekki óalgengt að sjá himbrima á vatninu. Bæði bleikja og urriði eru í vatninu.
Náttúrustofan vaktar vatnafugla á Ljósavatni.
Votlendi við Öxarfjörð
Undirlendið við Öxarfjörð er myndað af framburði Jökulsár á Fjöllum. Það er ríkt af fjölbreyttu votlendi og þar eru grunn og næringarrík vötn, sjávarlón, mýrlendi, lækir, ár og keldur. Á svæðinu er afar fjölbreytt fuglalíf þar sem votlendisfuglar eru einkennandi. Gróðurfar einkennist af láglendisgróðri, votlendisgróðri með stararbreiðum en einnig víðikjarri og mólendi. Þegar nær dregur Jökulsá verður landið sendnara og víða ógróið. Úti við ströndina eru víðáttumiklir sandar og melsáningar. Náttúrustofan hefur vaktað mófugla í Austursandi.
