Náttúrustofan vinnur í samstarfi við aðrar stofnanir og fleiri aðila að verkefnum sem nýta sér sérþekkingu stofunnar á fuglum og fuglalífi Norðausturlands. Stærstu verkefnin fram til þessa tengjast Fuglastíg á Norðausturlandi, Fálkasetri Íslands í Ásbyrgi og Rannsóknastöðinni Rif á Raufarhöfn.
