Fuglarannsóknir ásamt almennri dýravistfræði eru sérsvið Náttúrustofu Norðausturlands. Frá því Náttúrustofan hóf störf árið 2004 hefur hún lagt áherslu á reglubundna vöktun fuglastofna í Þingeyjarsýslum en það verkefni er unnið fyrir ríkið. Fuglavöktunin er umfangsmikil og beinist að vöktun vatnafugla, sjófugla og mófugla auk umsjónar með framkvæmd vetrarfuglatalninga á svæðinu. Náttúrustofan hefur umsjón með vöktun bjargfugla á landsvísu ásamt því að koma að ýmsum öðrum rannsóknaverkefnum sem tengjast fuglum og öðru lífríki. Náttúrustofan tekur einnig þátt í stóru langtímaverkefni um vöktun náttúruverndarsvæða.
Samhliða vöktun vatnafugla vaktar Náttúrustofan vatnalíf í nokkrum vötnum á svæðinu en hún er einnig með fiðrildavöktun í Vatnajökulsþjóðgarði og við Bakka við Húsavík.
