Botnsvatn er staðsett í fallegu dalverpi neðan Húsavíkurfjalls, rétt sunnan við byggðakjarna Húsavíkur. Það liggur í um 130 m hæð yfir sjávarmáli og er um 1 km2 að stærð. Úr vatninu rennur Búðará niður í gegnum bæinn á leið sinni til sjávar í Skjálfandaflóa. Umhverfi Botnsvatns er vinsælt útivistarsvæði en gönguleið liggur í kringum vatnið. Í vatninu er einhver veiði, helst þá bleikja.
Að beiðni PCC-BakkiSilicon hf. hóf Náttúrustofan vöktun sumarið 2017 á nokkrum umhverfisþáttum í tengslum við starfsemi kísilmálmverksmiðjunnar á Bakka. Meðal annars voru tekin vatnssýni og setsýni úr Botnsvatni.
