Náttúrustofa Norðausturlands hefur verið staðsett á Húsavík frá upphafi. Hún var stofnuð þann 27. ágúst 2003 og tók til starfa 1. október sama ár. Þann 10. ágúst 2004 var Náttúrstofan formlega opnuð af Siv Friðleifsdóttur umhverfisráðherra. Þann sama dag var Þekkingarsetur Þingeyinga, nú Þekkingarnet Þingeyinga, einnig opnað formlega af Þorgerði Katrínu Gunnarsdóttur menntamálaráðherra. Náttúrustofan og Þekkingarnetið hafa verið í nánu samstarfi frá upphafi.
Náttúrustofurnar eru átta talsins og staðsettar víðs vegar um landið. Þær starfa samkvæmt lögum um Náttúrufræðistofnun Íslands og náttúrustofur nr. 60/1992 með síðari breytingum. Náttúrustofa Norðausturlands var sú sjöunda í röðinni og nær starfssvæði hennar frá Ólafsfirði í vestri og austur á Langanes. Hún er rekin af sveitarfélögunum Norðurþingi, Skútustaðahreppi, Tjörneshreppi og Þingeyjarsveit með aðkomu ríkisins.
