Vatnafuglar eru taldir tvisvar á sumri á ákveðnum svæðum (sjá 1. mynd). Að vori er fjöldi fugla metinn og aftur síðsumars til að meta ungaframleiðslu.
Markmiðið er að fylgjast með þróun vatnafuglastofna í Þingeyjarsýslum utan Mývatns, Laxár, Svartár og Svartárvatns en þau svæði eru vöktuð af Náttúrurannsóknastöðinni við Mývatn (RAMÝ). Í samvinnu við RAMÝ er reynt að ná utan um heildarstofna nokkurra tegunda hér á landi sem finnast nær eingöngu eða að langmestu leyti í Þingeyjarsýslum (flórgoði, húsönd, hrafnsönd og gargönd). Fylgst er með vatnafuglastofnum á votlendissvæðum í Ljósavatnsskarði, Reykjadal, Aðaldal og Kelduhverfi og notaðar eru sambærilegar aðferðir og notaðar hafa verið við vatnafuglatalningar á Mývatni frá því 1975.
Vatnafuglar hafa verið taldir á fjölda svæða frá Ljósavatnsskarði austur í Kelduhverfi frá árinu 2004. Teknar hafa verið saman tölur yfir fjölda fugla á þeim svæðum sem talin hafa verið frá upphafi. Á síðari árum hafa bæst við nokkrar tjarnir og vötn á svæðinu. Skýrslur með niðurstöðum úr vöktun vatnafugla má sjá hér eftir árum.
Mófuglar eru taldir einu sinni á sumri en Náttúrustofan hefur vaktað mófugla með punkttalningum frá árinu 2010 (sjá 1. mynd). Mófuglavöktun byggir á því að telja fugla á sömu punktum ár eftir ár, á sama tíma og við sambærilegar aðstæður. Punktunum er raðað með 300 m millibili eftir sniðlínum en fjöldi punkta á sniðlínu er mismunandi eftir aðstæðum á hverjum stað, allt frá 6 og upp í 16. Yfirleitt er gengið á milli punkta en nokkur snið liggja eftir slóðum og er þá ekið á milli punktanna. Við punkttalningar er talið á hverjum punkti í nákvæmlega 5 mínútur. Allir fuglar sem sjást að 200 m fjarlægð eru taldir og fjarlægð í þá mæld með fjarlægðarmæli. Talið er á hverjum punkti innan sama 14 daga tímabils árlega og innan sömu klukkustundar dagsins. Einungis er talið við hagstæð veðurskilyrði. Gögnin eru svo sett inn í sérstakt reiknilíkan (Distance) og þannig fæst þéttleiki einstakra tegunda. Þó allar tegundir séu skráðar er þéttleiki aðeins reiknaður fyrir þær 9 algengustu, heiðlóu, lóuþræl, hrossagauk, jaðrakan, spóa, stelk, kjóa, skógarþröst og þúfutittling. Skýrslur með niðurstöðum úr vöktun mófugla má sjá hér eftir árum.
Sjófuglar hafa verið taldir á föstum sniðum í Skoruvíkurbjargi frá árinu 2006, en áður hafði dr. Arnþór Garðarsson hjá Líffræðistofnun Háskólans ákvarðað þessi talningarsnið og talið á þeim fjórum sinnum á tímabilinu 1986-2005. Talið er á 21 sniði í bjarginu en það er gert með því að taka myndir af sniðunum af bjargbrún og telja svo af myndunum í tölvu. Skráður er fjöldi rituhreiðra, fýlssetra og fjöldi svartfugla og hann umreiknaður í 10m bjargs. Svartfuglar eru greindir til tegunda á staðnum og er hlutfallið milli tegunda reiknað upp í þann fjölda sem talinn er af myndum. Sömu aðferð hefur verið beitt í Grímsey en Arnþór ákvarðaði þar talningasnið og taldi sumarið 2009. Náttúrustofan hefur séð um talningar þar frá sumrinu 2011 en engin talning var þar sumarið 2010. Fýlar hafa verið taldir í Ásbyrgi undanfarin ár og ritur hafa verið taldar í tveimur vörpum við Skjálfanda, við Saltvík og á Húsavíkurhöfða, snemmsumars til að meta fjölda í varpi og aftur síðsumars til að meta varpárangur. Slíkt hið sama hefur verið gert í Skoruvíkurbjargi.
Náttúrustofan hefur einnig umsjón með vöktun bjargfugla á Íslandi samkvæmt samningi við Umhverfisstofnun. Markmið verkefnisins er að fylgjast með stofnþróun og varpárangri bjargfugla allt í kringum Ísland og er það unnið í samstarfi við aðrar náttúrustofur. Vöktunin felur í sér myndatökur og talningar í björgum vítt og breytt um landið. Vöktunarmyndavélum hefur auk þess verið komið fyrir í Skoruvíkurbjargi, Grímsey, Hælavíkurbjargi, Látrabjargi og Vestmannaeyjum en þeim er ætlað að varpa ljósi á varpafkomu langvíu og stuttnefju. Vöktun bjargfugla er m.a. unnin í samstarfi við Náttúrustofu Vestfjarða.
Skýrslur með niðurstöðum úr vöktun sjófugla má sjá hér eftir árum.
Árlegar vetrarfuglatalningar fara fram á hverjum vetri í samstarfi við Náttúrufræðistofnun Íslands. Markmið þeirra er að safna upplýsingum um fjölda og dreifingu fugla að vetrarlagi en talningarnar eru staðlaðar og geta því nýst til vöktunar einstakra stofna. Nánar má lesa um vetrarfuglatalningar á heimasíðu Náttúrufræðistofnunar.
