Árið 2012 tók Náttúrustofan að sér rannsóknir og vöktun á gróðurfari og fuglalífi á áhrifasvæðum fyrirhugaðra og núverandi virkjana á Þeistareykjum, í Bjarnarflagi og í Kröflu, samkvæmt verksamningi við Landsvirkjun. Vöktunin hófst með grunnkortlagningu og útsetningu gróðurreita á Þeistareykjum og í Kröflu sumarið 2012 og í Bjarnarflagi 2014. Fylgst verður reglubundið með þekju tegunda og tegundahópa í gróðurreitum næstu árin. Í Bjarnarflagi er einnig fylgst með útbreiðslu sjaldgæfra háhitaplantna, naðurtungu (Ophioglossum azoricum), dvergtungljurtar (Botrychium simplex) og keilutungljurtar (Botrychium minganense). Á sama tíma er fylgst með ábúð og varpafkomu fálka í nágrenni Þeistareykjavirkjunar.
Á árunum 2012-2019 fór einnig fram vöktun á mófuglum á Þeistareykjum í tengslum við virkjunarframkvæmdirnar og starfsemi Þeistareykjavirkjunar en þeim hefur nú verið hætt. Þar var árlegur varpþéttleiki mófugla ákvarðaður en um niðurstöður þeirrar vöktunar má lesa hér.
Árið 2011 gerði Náttúrustofan úttekt á lífríki tveggja tjarna á Þeistareykjum að beiðni Landsvirkjunar og var sú úttekt endurtekin sumurin 2016-2020.
Skýrslur verkefnisins má sjá hér eftir árum.
