Samanber lög um Náttúrufræðistofnun Íslands og náttúrustofur geta eitt eða fleiri sveitarfélög á því landshorni sem náttúrustofa starfar gerst aðilar að henni. Þau sveitarfélög sem gerast aðilar að stofunni eiga hana og reka með stuðningi ríkissjóðs. Stjórn náttúrustofu er skipuð þremur mönnum sem tilnefndir eru af þeim sveitarfélögum sem gerast aðilar að henni. Þannig er stjórnun stofunnar alfarið í höndum heimamanna.
Í stjórn Náttúrustofu Norðausturlands sitja þrír menn tilnefndir af rekstraraðilum stofunnar. Stjórnarformaður er Margrét Hólm Valsdóttir frá Norðurþingi og aðrir stjórnarmenn eru Bjarni Páll Vilhjálmsson frá Norðurþingi og Jóhanna Katrín Þórhallsdóttir frá Skútustaðahreppi.
