Síðastliðið vor tók Náttúrustofan að sér gerð verndaráætlunar fyrir Mývatn og Laxá skv. lögum um vernd Mývatns og Laxár í S-Þingeyjarsýslu. Verkið er unnið fyrir Umhverfisstofnun í samstarfi við Náttúrurannsóknastöðina við Mývatn og Þekkingarsetur Þingeyinga.
Árið 2004 tóku gildi ný lög nr. 97/2004 um verndun Mývatns og Laxár í Suður-Þingeyjarsýslu. Í viðauka þeirra laga er ákvæði sem gerir ráð fyrir því að gerð skuli verndaráætlun. Verndaráætlunin tekur til Skútustaðahrepps alls ásamt 200 m breiðu svæði meðfram Laxá til ósa, þ.e. því svæði er tilheyrði eldri lögum nr. 36/1974, um verndun Mývatns og Laxár í Suður- Þingeyjarsýslu. Þó eru undanskilin Herðubreiðarfriðland og Askja. Markmið verndaráætlunarinnar er að stýra nýtingu svæðisins til framtíðar á þann hátt að vistfræðileg fjölbreytni og sérstaða svæðisins í heild verði tryggð.
Markmið nýju laganna er að stuðla að náttúruvernd á Mývatns- og Laxársvæðinu í samræmi við meginregluna um sjálfbæra þróun og tryggja að vistfræðilegu þoli svæðisins verði ekki stefnt í hættu af mannavöldum. Lögin eiga að tryggja verndun líffræðilegrar fjölbreytni á vatnasviði Mývatns og Laxár ásamt verndun jarðmyndana og landslags með virkri náttúruvernd, einkum með tilliti til vísindalegra, félagslegra og fagurfræðilegra sjónarmiða.
