Sumarið 2008 samdi svæðisráð norðursvæðis Vatnajökulsþjóðgarðs við Náttúrustofu Norðausturlands um að vinna tillögu að verndaráætlun fyrir svæðið en samkvæmt lögum um þjóðgarðinn hafði svæðisráðið 18 mánuði til að vinna tillöguna. Náttúrustofa Norðausturlands hefur nú lokið sinni vinnu við tillöguna og svæðisráðið afhent hana til stjórnar þjóðgarðsins. Í framhaldinu mun stjórnin gera eina heildstæða verndaráætlun fyrir allan þjóðgarðinn sem byggir á tillögum svæðisráða og stefnir stjórnin á að ljúka því verki fyrir 2 ára afmæli þjóðgarðsins þann 7. júní 2010.
Áður en endanleg verndaráætlun Vatnajökulsþjóðgarðs tekur gildi mun stjórnin senda hana hagsmunaaðilum til umsagnar auk þess sem almenningur mun hafa 6 vikur til að gera athugasemdir frá því að verndaráætlun verður lögð fram til umsagnar og athugasemda.
